データの読み込み(3D Slicer)

3D Slicerのデータ読み込みについて、概説します。

まず、データの読み込みは、ほとんどの場合、データファイルを"ドラッグ&ドロップ"します。

Drag and Drop

はじめに

Slicerは様々な形式のデータを、複数の方法で読み込むことができます。ほとんどは、シーンファイル含めて、「Add Data」ダイアログを使用して読み込みます。サポートしているファイル形式は, サポートリストをご覧ください。ただし、このうちいくつかは、部分的なサポートのみのですので、ご注意ください。

DWIのような複雑な形式の場合は、一旦、DICOMデータをNRRD形式に変換した方がいいです(DicomToNrrdConverter)。これは、多くのベンダーがDICOMヘッダーに、非標準的な方法でDWIデータを記述しているからです。DicomToNrrdConverterに、デバッグおよびテストした特定のフォーマットのリストがあります。

Add Data

「Add Data」ダイアログを使用すると、Slicerがサポートしているデータを読み込むことができます。DICOMデータ以外の形式は、標準で「Add Data」ダイアログを使用してください。そうすれば、シーンファイルがデータに追加されます。

「Add Data」ダイアログを起動するには、以下の方法があります。

  • ショートカット・キー: CTRL-A (Macでは、Command-A)
  • File > Add Data
  • ショートカットアイコン
  • ドラッグ&ドロップ
Add Data Diaglogue

"Add Data"の機能

  • 「Choose Directory to Add」ボタンを使用して、読み込むデータファイルが存在するディレクトリを指定します。
  • 「Choose File(s) to Add」ボタンは、読み込むデータファイルをリストに追加します。
  • 「Show Options」は、データ読み込み時にデータのプロパティを設定できるように、オプション列を追加します。このオプションを使用すると、データがラベルマップかストリームラインかを指定できます。
  • 「Reset」ボタンは、読み込むファイルのリストを空にします。
  • 「OK」ボタンを押すと、リスト内のデータを読み込みます。
  • 「Cancel」ボタンを押すと、読み込みを中止します。

"Choose"ファイル・ダイアログ

「Choose Files to Add」ボタンを押すと、「File」ダイアログが立ち上がります。CTRL-clickで複数ファイルを選択できます。また、SHIFT-clickすると複数の連続したファイルを選択可能です。

.mrmlファイル選択するとシーンがリストに追加されます。読み込みを実行すると、シーンに含まれるすべてのデータが読み込まれますので、個々のデータファイルをそれぞれ選択する必要がありません。

Show Options

"Choose"ファイル・ダイアログでファイルを選択すると、「Add Data」ダイアログのリストに選択したファイルが追加されます。このリストで、選択したファイルが正しいかを読み込む前に確認できます。

added data list

左にあるチェックボックスは、ファイルを読み込むかどうかを指定できます。これは、選択したファイルを読み込みたくないときに使用します。

「Description」列は、自動検出したデータタイプを表示します。

Description

「Show Options」のチェックを入れると、オプション列が現れます。これを使用すると、VolumeやScalar Overlayのようなデータに、読み込む前に、追加設定できます。

Show Options

Add DICOM Data

Slicer 4.0から、SlicerはDICOMデータをローカルのデータベースに保持するようになりました。DICOMデータはディスクかPACSシステムから取得されます。

詳しくは、DICOMモジュールのドキュメントをご覧ください。

その他

ダウンロード・サンプルデータ

ダウンロード・サンプルデータは、インターネットからサンプルデータをダウンロードします。これらは、Slicerの機能をテストするために使用できます。

詳しくは、「Sample Data Module」のドキュメントを参照ください。

sample data

お気に入り

ファイルの選択ダイアログで、左の窓に、ディレクトリをドラッグ&ドロップすることで、お気に入りディレクトリを追加できます。

Favorites Add

添付ファイル: fileFavorites-Add.png 430件 [詳細] filesample_data.png 464件 [詳細] fileShowOptions.png 421件 [詳細] fileDescription.png 448件 [詳細] fileadded_data_list.png 440件 [詳細] fileAdd_data_dialogue.png 416件 [詳細] filedrag_and_drop.png 399件 [詳細]

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Last-modified: 2017-04-14 (金) 20:39:15 (406d)