出入口の延長(vmtk)

管の内部流のような流体計算を行う場合は、入口・出口の境界条件の影響が流れに及ばないように、流体領域を管状に伸ばすことがよくあります。

ここでは、入口・出口が開いた状態の表面メッシュがある場合に、管の中心線から求まる菅の径に基づいて、流体領域を延長します。

使用するツールは、オープンソースの血管モデリング・ツールvmtk(ver 1.2)です。

表面メッシュ

使用する表面メッシュは、以下のような血管の一部のメッシュです。(メッシュデータは、このページの一番下のvessel_surf_without_capping.zipにあります。)流体計算用の境界条件として、inletとoutletの位置は絵のように仮定します。

vessel_surf_without_capping

上図から分かる通り、入口、出口は開いています。

vmtkのコマンド実行

以下、vmtkはインストールされているものと仮定します。

vmtkを起動し、PypePadのコマンド編集欄に以下のコマンドを打ち込みます。

vmtksurfacereader -ifile vessel_surf_without_capping.vtp --pipe vmtkcenterlines -seedselector openprofiles --pipe vmtkflowextensions -adaptivelength 1 -extensionratio 20 -normalestimationratio 1 -interactive 0 --pipe vmtksurfacewriter -ofile vessel_ex.vtp

commands

コマンドを打ち込みましたら、メニューバーから

Run > Run all

をクリックしてコマンドを実行します。

境界番号の指定

コマンドを実行しますと、メッセ―ウィンドウに

Cappint surface.

のメッセージが記述された後に、ビューアが立ち上がります。ビューアを見ますと、血管の入口、出口にそれそれ"1"と"0"が表示されているのが分かります。

viewer_for_boundary_id.

vmtkでは、基本的に、ビューアの左下にある指示にしたがって進みます。ここでは、下のようにして、入口に"1"と出口に"2"を指定します。

① 表面メッシュの絵に問題がないようでしたら、キーボードから"q"をたたきます。

② "Please input list of inlet profile ids:_"と出ますので入口の番号として、"1"を記入して、Enterします。

③ "Please input list of outlet profile ids(leave empty for all all available profiles):_"とでますので、"0"を記入して、Enterします。

管の延長

境界番号を指定しますと、入口、出口が延長されます。出力されたvessel_ex.vtpファイルをParaViewで表示することができます。

excluded vessel

ダウンロード

データファイル:


添付ファイル: filevessel_ex.png 1178件 [詳細] fileviewer_for_boundary_id.png 1157件 [詳細] filecommands.png 1195件 [詳細] filevessel_surf_without_capping.zip 1037件 [詳細] filevessel_surf_without_capping.png 1177件 [詳細]

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Last-modified: 2014-08-19 (火) 10:20:25 (1211d)