解剖学的3次元可視化 part1(3D Slicer)

3D Slicerを使用して、解剖学のモデルを3次元で可視化します。

以下の内容は、Sonia Pujolさん作成のチュートリアル3DDataLoadingandVisualization_Slicer4.5_SoniaPujolを参照しています。

使用するデータは以下にありますので、ダウンロードしてください。

3DVisualizationData.zip

構成の説明

3D Slicerを起動すると以下のように「Welcome to Slicer」モジュールが表示されます。

Welcom to Slicer module

各モジュールの情報や設定などは、タブの中にあります。各タブをクリックすると、その内容が表示されます。

tabs for contents

「The Main Window」タブには、Slicerのユーザーインターフェースの基本構造の情報があります。スクロールすることで、全ての内容を参照できます。

Main Window tab

以下は、3D Slicerのユーザーインタフェースです。

User interface

データの読み込み

ダウンロードした"MR-head.nrrd"ファイルを、Slicer上にドラッグ&ドロップすると、「Add data into the scene」ダイアログが立ち上がりますので、「OK」します。

drag and drop

データが読み込まれると、"axial(横断面)", "sagittal(矢状面)", "coronal(冠状面)"の2次元ビューアに表示されます。

2d viewers

Slicerレイアウト・アイコンをクリックします。

layout icon

"Red Slice only"を選択します。

Red slice only

マウスを断面ビューア―のツールバーにあるピンアイコン上に移動します。

Red pin icon

”<<“ボタンをクリックするとメニューが現れます。

view menu

"Lightbox"メニューから"6x6 view"を選択します。(注意が出ますが"continue"してそのまま進みます)

6x6 view

36枚の連続断面が表示されます。スライダーを移動すると、断面位置を変えることができます。

6x6 sections

Slicerレイアウト・アイコンから"Conventional"を選択します。

conventional view

再び、Redビューアーのピン・アイコンから、Lightboxメニューの"1x1 view"を選択し、元に戻します。

bactk to 1x1 view

Redビューアーのピン・アイコンにあるリンク・アイコンをクリックし、3つのビューアーを同期します。

link icon

3画面をリンクした状態で目アイコンをクリックすると、3Dビューアーに3断面がすべて表示されます。

eye icon

 

3d viewer with 3 sections

3Dビューアー上で、マウスの左ボタンを使用するとカメラの回転、右ボタンで拡大・縮小、中ボタンで平行移動できます。

mouse operations

シーンを閉じる

シーンを終了するには

 File > Close Scene

をクリックします。

close scene

Slicerの終了

Sicerを終了させるには

 File > Exit

をクリックします。

exit slicer

添付ファイル: fileWelcom_to_Slicer_module.png 192件 [詳細] fileview_menu.png 193件 [詳細] fileuser_interface.png 191件 [詳細] filetab_for_contents.png 187件 [詳細] filereturn_1x1.png 186件 [詳細] filered_slice_only.png 187件 [詳細] filepin_icon.png 187件 [詳細] filemouse_operations.png 190件 [詳細] filemain_window_tab.png 190件 [詳細] filelink_icon.png 224件 [詳細] filelayout_icon.png 194件 [詳細] fileeye_icon.png 188件 [詳細] fileexit_slicer.png 191件 [詳細] filedrag_and_drop.png 191件 [詳細] fileconventional.png 185件 [詳細] fileclose_scene.png 193件 [詳細] file6x6_view.png 185件 [詳細] file6x6_sections.png 186件 [詳細] file3d_viewer_with_sections.png 180件 [詳細] file2d_viewers.png 183件 [詳細]

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Last-modified: 2017-04-19 (水) 15:54:20 (237d)