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可視化ソフトウェアParaViewのFiltersに含まれるProgrammableフィルターを使用すると、気泡のような楕円状の点群に対して、楕円の長軸・短軸を算出することができます。
Filters > Alphabetical > Programable Filter
下記にその記事がありますので、ご参考ください。