解剖学的3次元可視化 part2(3D Slicer)

3D Slicerを使用して、解剖学のモデルを3次元で可視化します。

以下の内容は、Sonia Pujolさん作成のチュートリアル3DDataLoadingandVisualization_Slicer4.5_SoniaPujolを参照しています。

使用するデータは以下にありますので、ダウンロードしてください。

3DVisualizationData.zip

シーンファイルの読み込み

ダウンロードしたデータから"3DHeadScene.mrml"ファイルを、Sicerにドラッグ&ドロップします。

drag and drop scene

"Add data into the scene"ダイアログが立ち上がりますので、「OK」します。

load scene ok

頭部の3次元表面モデルと2次元解剖断面がSlicerのビューアーに表示されます。

loaded scene

Modelsモジュール

Modulesメニューから"Models"を選択します。

select models

Modelsパネルに3次元シーンのリストが表示されます。

scenes list

3次元可視化

"axial"断面にあるピン・アイコンにカーソルを移動し、展開されたメニュー内にある目アイコンをクリックします。

axial eye

すると、頭部の3次元モデルにaxial断面が出現します。

次に、3次元シーンのリストから"Skin"を選択します。

select skin

"Display"タブを展開し、スクロールして"Color"タブを探します。

color tab

"Color"タブ内の"Opacity"を0.3に設定すると、skin形状が透過されます。

transparent

上にスクロールし、"skull_bone"を選択します。

select skull bone

頭蓋骨を非表示にするために、"Visible"のチェックを外します。

skull bone invisible

カーソルを"Coronal"断面ビューのピン・アイコンに移動し、目アイコンを有効にします。

coronal eye_on

"Coronal"断面が3次元ビューア―に表示されます。

display coronal section

Hemispheric_white_matterを選択後、"Visibility"タブの"Clip"を「On」にします。

clip white matter

下にスクロールし、"Clipping"タブを見つけます。

"Green Slice Clipping"を「On」であり、"Negative"が選択されていることを確かめます。

Green Slice Clipping

3次元ビューア―に視神経交叉が確認できます。

optic chiasm

上にスクロールし、"Clip"を「Off」にし、"Opacity"を0.3に設定します。

white material opacity

こうすると、白質と2次元断面との交差を確認することができます。

intersection

coronal断面のピン・アイコンにカーソルを移動し、目アイコンを「Off」にします。

coronal disable

Slicerレイアウト・アイコンを"Conventional"にします。

conventional

3次元ビューア―上のピン・アイコンにカーソルを移動し、 3Dコントロール・ウィンドウを表示し、"A (anterior) view"をクリックします。

Anterior view

シーンの保存

シーンを保存するには

 File > Save

をクリックします。

menu save

"Save Scene and Unsaved Data"ウィンドウにシーンのリストが表示されます。

scene_list

"File Name"のチェック外すと、全てのチェックが外れます。次に、"3DHeadScene.mrml"にチェックを入れます。

"3DHeadScene.mrml"をダブルクリックすると、名称が変更できますので

 "myNewScene.mrml"

に変更し、「Save」ボタンを押しと、シーンが保存されます。

saving

最後に、

 File > Exit

からmyNewScene.mrmlを閉じ、Slicerを終了します。

exit slicer

添付ファイル: filewhite_material_opacity.png 1021件 [詳細] fileload_scene_ok.png 1013件 [詳細] filewhite_matter_clip.png 992件 [詳細] filetransparent.png 1047件 [詳細] fileskull_bone_invisible.png 967件 [詳細] fileselect_skull_bone.png 993件 [詳細] fileselect_skin.png 1025件 [詳細] fileselect_models.png 1015件 [詳細] filescenes_list.png 1005件 [詳細] filescene_list.png 987件 [詳細] filesaving.png 1008件 [詳細] fileoptic_chiasm.png 1051件 [詳細] filemenu_save.png 990件 [詳細] fileloaded_scene.png 998件 [詳細] fileintersection.png 1027件 [詳細] fileGreen_Slice_Clipping.png 991件 [詳細] fileexit_slicer.png 1000件 [詳細] filedrag_and_drop_scene.png 1029件 [詳細] filedisplay_coronal_section.png 1060件 [詳細] filecoronal_eye_on.png 1021件 [詳細] filecoronal_disable.png 990件 [詳細] fileconventional.png 1019件 [詳細] filecolor_tab.png 1009件 [詳細] fileaxial_eye.png 988件 [詳細] fileanterior.png 987件 [詳細]

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Last-modified: 2017-04-19 (水) 15:54:10 (1013d)