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可視化ソフトウェアMeshLabを使用すると、面の法線方向を一括で揃えることができます。
面の法線方向を確認するには下記を参照ください。
面の法線方向を揃えるには、
Filters > Normals, Curvatures and Orientation > Re-Orient all faces coherentely
を実行します。
これにより、下図のように面の法線方向が揃えられます。