*[[解剖学的3次元可視化 part2(3D Slicer)]] [#w239a445]

[[3D Slicer:http://www.slicer.org/]]を使用して、解剖学のモデルを3次元で可視化します。

以下の内容は、チュートリアル[[3DDataLoadingandVisualization_Slicer4.5_SoniaPujol:https://www.slicer.org/w/images/5/51/3DDataLoadingandVisualization_Slicer4.5_SoniaPujol.pdf]]を参照しています。
以下の内容は、Sonia Pujolさん作成のチュートリアル[[3DDataLoadingandVisualization_Slicer4.5_SoniaPujol:https://www.slicer.org/w/images/5/51/3DDataLoadingandVisualization_Slicer4.5_SoniaPujol.pdf]]を参照しています。

使用するデータは以下にありますので、ダウンロードしてください。

[[3DVisualizationData.zip:https://www.slicer.org/w/images/f/f4/3DVisualizationData.zip]]

**シーンファイルの読み込み [#g7fb92f4]

ダウンロードしたデータから"3DHeadScene.mrml"ファイルを、Sicerにドラッグ＆ドトップします。
ダウンロードしたデータから"3DHeadScene.mrml"ファイルを、Sicerにドラッグ＆ドロップします。

#ref(drag_and_drop_scene.png,center,nowrap,50%,drag and drop scene);
#ref(drag_and_drop_scene.png,left,nowrap,50%,drag and drop scene);

"Add data into the scene"ダイアログが立ち上がりますので、「OK」します。

#ref(load_scene_ok.png,center,nowrap,50%,load scene ok);
#ref(load_scene_ok.png,left,nowrap,50%,load scene ok);

頭部の3次元表面モデルと2次元解剖断面がSlicerのビューアーに表示されます。

#ref(loaded_scene.png,center,nowrap,50%,loaded scene);
#ref(loaded_scene.png,left,nowrap,50%,loaded scene);

** Modelsモジュール [#n8ecc368]

Modulesメニューから"Models"を選択します。

#ref(select_models.png,center,nowrap,50%,select models);
#ref(select_models.png,left,nowrap,50%,select models);

Modelsパネルに3次元シーンのリストが表示されます。

#ref(scenes_list.png,center,nowrap,50%,scenes list);
#ref(scenes_list.png,left,nowrap,50%,scenes list);

**3次元可視化 [#ed4d49d6]

"axial"断面にあるピン・アイコンにカーソルを移動し、展開されたメニュー内にある目アイコンをクリックします。

#ref(axial_eye.png,center,nowrap,50%,axial eye);
#ref(axial_eye.png,left,nowrap,50%,axial eye);

すると、頭部の3次元モデルにaxial断面が出現します。

次に、3次元シーンのリストから"Skin"を選択します。

#ref(select_skin.png,center,nowrap,50%,select skin);
#ref(select_skin.png,left,nowrap,50%,select skin);

"Display"タブを展開し、スクロールして"Color"タブを探します。

#ref(color_tab.png,center,nowrap,50%,color tab);
#ref(color_tab.png,left,nowrap,50%,color tab);

"Color"タブ内の"Opacity"を0.3に設定すると、skin形状が透過されます。

#ref(transparent.png,center,nowrap,50%,transparent);
#ref(transparent.png,left,nowrap,50%,transparent);

上にスクロールし、"skull_bone"を選択します。

#ref(select_skull_bone.png,center,nowrap,50%,select skull bone);
#ref(select_skull_bone.png,left,nowrap,50%,select skull bone);

頭蓋骨を非表示にするために、"Visible"のチェックを外します。

#ref(skull_bone_invisible.png,center,nowrap,50%,skull bone invisible);
#ref(skull_bone_invisible.png,left,nowrap,50%,skull bone invisible);

カーソルを"Coronal"断面ビューのピン・アイコンに移動し、目アイコンを有効にします。

#ref(coronal_eye_on.png,center,nowrap,50%,coronal eye_on);
#ref(coronal_eye_on.png,left,nowrap,50%,coronal eye_on);

"Coronal"断面が3次元ビューア―に表示されます。

#ref(display_coronal_section.png,left,nowrap,50%,display coronal section);

Hemispheric_white_matterを選択後、"Visibility"タブの"Clip"を「On」にします。

#ref(white_matter_clip.png,left,nowrap,50%,clip white matter);

下にスクロールし、"Clipping"タブを見つけます。

"Green Slice Clipping"を「On」であり、"Negative"が選択されていることを確かめます。

#ref(Green_Slice_Clipping.png,left,nowrap,50%,Green Slice Clipping);

3次元ビューア―に視神経交叉が確認できます。

#ref(optic_chiasm.png,left,nowrap,50%,optic chiasm);

上にスクロールし、"Clip"を「Off」にし、"Opacity"を0.3に設定します。

#ref(white_material_opacity.png,left,nowrap,50%,white material opacity);

こうすると、白質と2次元断面との交差を確認することができます。

#ref(intersection.png,left,nowrap,50%,intersection);

coronal断面のピン・アイコンにカーソルを移動し、目アイコンを「Off」にします。

#ref(coronal_disable.png,left,nowrap,50%,coronal disable);

Slicerレイアウト・アイコンを"Conventional"にします。

#ref(conventional.png,left,nowrap,50%,conventional);

3次元ビューア―上のピン・アイコンにカーソルを移動し、
3Dコントロール・ウィンドウを表示し、"A (anterior) view"をクリックします。

#ref(anterior.png,left,nowrap,50%,Anterior view);

**シーンの保存 [#d7d266c9]

シーンを保存するには

  File > Save

をクリックします。

#ref(menu_save.png,left,nowrap,50%,menu save);

"Save Scene and Unsaved Data"ウィンドウにシーンのリストが表示されます。

#ref(scene_list.png,left,nowrap,50%,scene_list);

"File Name"のチェック外すと、全てのチェックが外れます。次に、"3DHeadScene.mrml"にチェックを入れます。

"3DHeadScene.mrml"をダブルクリックすると、名称が変更できますので

　"myNewScene.mrml"

に変更し、「Save」ボタンを押しと、シーンが保存されます。

#ref(saving.png,left,nowrap,50%,saving);

最後に、
  File > Exit
からmyNewScene.mrmlを閉じ、Slicerを終了します。

#ref(exit_slicer.png,left,nowrap,50%,exit slicer);
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