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EXCELでCSVファイルに保存などすると、しばしば、BOM付きUTF-8でエンコーディングされて保存されます。(EXCELで保存する際に、「CSV UTF-8(コンマ区切り)」を指定して保存した場合)
numpy genfromtxt関数で、BOM付きUTF-8のcsvファイルを読むには、
encoding='utf_8_sig'
を指定します。
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data = np.genfromtxt(config.input_csv, dtype=None, names=True, delimiter=',', autostrip=True, encoding='utf_8_sig')