データの読み込み(3D Slicer)
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*[[データの読み込み(3D Slicer)]] [#w239a445]
[[3D Slicer:http://www.slicer.org/]]のデータ読み込みについて、概説します。
まず、データの読み込みは、ほとんどの場合、データファイルを"ドラッグ＆ドロップ"します。
#ref(drag_and_drop.png,center,nowrap,50%,Drag and Drop);
**はじめに [#t6417ba6]
Slicerは様々な形式のデータを、複数の方法で読み込むことができます。ほとんどは、シーンファイル含めて、「Add Data」ダイアログを使用して読み込みます。サポートしているファイル形式は, [[サポートリスト:https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.6/SlicerApplication/SupportedDataFormat]]をご覧ください。ただし、このうちいくつかは、部分的なサポートのみのですので、ご注意ください。
DWIのような複雑な形式の場合は、一旦、DICOMデータをNRRD形式に変換した方がいいです([[DicomToNrrdConverter:https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.6/Modules/DicomToNrrdConverter]])。これは、多くのベンダーがDICOMヘッダーに、非標準的な方法でDWIデータを記述しているからです。[[DicomToNrrdConverter:https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.6/Modules/DicomToNrrdConverter]]に、デバッグおよびテストした特定のフォーマットのリストがあります。
**Add Data [#vf1051f3]
「Add Data」ダイアログを使用すると、Slicerがサポートしているデータを読み込むことができます。DICOMデータ以外の形式は、標準で「Add Data」ダイアログを使用してください。そうすれば、シーンファイルがデータに追加されます。
「Add Data」ダイアログを起動するには、以下の方法があります。
-ショートカット・キー: CTRL-A (Macでは、Command-A)
-File > Add Data
-ショートカットアイコン
-ドラッグ＆ドロップ
#ref(Add_data_dialogue.png,center,nowrap,60%,Add Data Diaglogue);
***"Add Data"の機能 [#l5fe884c]
-「Choose Directory to Add」ボタンを使用して、読み込むデータファイルが存在するディレクトリを指定します。
-「Choose File(s) to Add」ボタンは、読み込むデータファイルをリストに追加します。
-「Show Options」は、データ読み込み時にデータのプロパティを設定できるように、オプション列を追加します。このオプションを使用すると、データがラベルマップかストリームラインかを指定できます。
-「Reset」ボタンは、読み込むファイルのリストを空にします。
-「OK」ボタンを押すと、リスト内のデータを読み込みます。
-「Cancel」ボタンを押すと、読み込みを中止します。
***"Choose"ファイル・ダイアログ [#na8a51ef]
「Choose Files to Add」ボタンを押すと、「File」ダイアログが立ち上がります。CTRL-clickで複数ファイルを選択できます。また、SHIFT-clickすると複数の連続したファイルを選択可能です。
.mrmlファイル選択するとシーンがリストに追加されます。読み込みを実行すると、シーンに含まれるすべてのデータが読み込まれますので、個々のデータファイルをそれぞれ選択する必要がありません。
***Show Options [#v82ff222]
"Choose"ファイル・ダイアログでファイルを選択すると、「Add Data」ダイアログのリストに選択したファイルが追加されます。このリストで、選択したファイルが正しいかを読み込む前に確認できます。
#ref(added_data_list.png,center,nowrap,80%,added data list);
左にあるチェックボックスは、ファイルを読み込むかどうかを指定できます。これは、選択したファイルを読み込みたくないときに使用します。
「Description」列は、自動検出したデータタイプを表示します。
#ref(Description.png,center,nowrap,80%,Description);
「Show Options」のチェックを入れると、オプション列が現れます。これを使用すると、VolumeやScalar Overlayのようなデータに、読み込む前に、追加設定できます。
#ref(ShowOptions.png,center,nowrap,80%,Show Options);
**Add DICOM Data [#l3342192]
Slicer 4.0から、SlicerはDICOMデータをローカルのデータベースに保持するようになりました。DICOMデータはディスクかPACSシステムから取得されます。
詳しくは、DICOMモジュールのドキュメントをご覧ください。
**その他 [#l3768842]
***ダウンロード・サンプルデータ [#o27e8940]
ダウンロード・サンプルデータは、インターネットからサンプルデータをダウンロードします。これらは、Slicerの機能をテストするために使用できます。
詳しくは、「Sample Data Module」のドキュメントを参照ください。
#ref(sample_data.png,center,nowrap,80%,sample data);
***お気に入り [#h2d8929b]
ファイルの選択ダイアログで、左の窓に、ディレクトリをドラッグ＆ドロップすることで、お気に入りディレクトリを追加できます。
#ref(Favorites-Add.png,center,nowrap,80%,Favorites Add);
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*[[データの読み込み(3D Slicer)]] [#w239a445]
[[3D Slicer:http://www.slicer.org/]]のデータ読み込みについて、概説します。
まず、データの読み込みは、ほとんどの場合、データファイルを"ドラッグ＆ドロップ"します。
#ref(drag_and_drop.png,center,nowrap,50%,Drag and Drop);
**はじめに [#t6417ba6]
Slicerは様々な形式のデータを、複数の方法で読み込むことができます。ほとんどは、シーンファイル含めて、「Add Data」ダイアログを使用して読み込みます。サポートしているファイル形式は, [[サポートリスト:https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.6/SlicerApplication/SupportedDataFormat]]をご覧ください。ただし、このうちいくつかは、部分的なサポートのみのですので、ご注意ください。
DWIのような複雑な形式の場合は、一旦、DICOMデータをNRRD形式に変換した方がいいです([[DicomToNrrdConverter:https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.6/Modules/DicomToNrrdConverter]])。これは、多くのベンダーがDICOMヘッダーに、非標準的な方法でDWIデータを記述しているからです。[[DicomToNrrdConverter:https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.6/Modules/DicomToNrrdConverter]]に、デバッグおよびテストした特定のフォーマットのリストがあります。
**Add Data [#vf1051f3]
「Add Data」ダイアログを使用すると、Slicerがサポートしているデータを読み込むことができます。DICOMデータ以外の形式は、標準で「Add Data」ダイアログを使用してください。そうすれば、シーンファイルがデータに追加されます。
「Add Data」ダイアログを起動するには、以下の方法があります。
-ショートカット・キー: CTRL-A (Macでは、Command-A)
-File > Add Data
-ショートカットアイコン
-ドラッグ＆ドロップ
#ref(Add_data_dialogue.png,center,nowrap,60%,Add Data Diaglogue);
***"Add Data"の機能 [#l5fe884c]
-「Choose Directory to Add」ボタンを使用して、読み込むデータファイルが存在するディレクトリを指定します。
-「Choose File(s) to Add」ボタンは、読み込むデータファイルをリストに追加します。
-「Show Options」は、データ読み込み時にデータのプロパティを設定できるように、オプション列を追加します。このオプションを使用すると、データがラベルマップかストリームラインかを指定できます。
-「Reset」ボタンは、読み込むファイルのリストを空にします。
-「OK」ボタンを押すと、リスト内のデータを読み込みます。
-「Cancel」ボタンを押すと、読み込みを中止します。
***"Choose"ファイル・ダイアログ [#na8a51ef]
「Choose Files to Add」ボタンを押すと、「File」ダイアログが立ち上がります。CTRL-clickで複数ファイルを選択できます。また、SHIFT-clickすると複数の連続したファイルを選択可能です。
.mrmlファイル選択するとシーンがリストに追加されます。読み込みを実行すると、シーンに含まれるすべてのデータが読み込まれますので、個々のデータファイルをそれぞれ選択する必要がありません。
***Show Options [#v82ff222]
"Choose"ファイル・ダイアログでファイルを選択すると、「Add Data」ダイアログのリストに選択したファイルが追加されます。このリストで、選択したファイルが正しいかを読み込む前に確認できます。
#ref(added_data_list.png,center,nowrap,80%,added data list);
左にあるチェックボックスは、ファイルを読み込むかどうかを指定できます。これは、選択したファイルを読み込みたくないときに使用します。
「Description」列は、自動検出したデータタイプを表示します。
#ref(Description.png,center,nowrap,80%,Description);
「Show Options」のチェックを入れると、オプション列が現れます。これを使用すると、VolumeやScalar Overlayのようなデータに、読み込む前に、追加設定できます。
#ref(ShowOptions.png,center,nowrap,80%,Show Options);
**Add DICOM Data [#l3342192]
Slicer 4.0から、SlicerはDICOMデータをローカルのデータベースに保持するようになりました。DICOMデータはディスクかPACSシステムから取得されます。
詳しくは、DICOMモジュールのドキュメントをご覧ください。
**その他 [#l3768842]
***ダウンロード・サンプルデータ [#o27e8940]
ダウンロード・サンプルデータは、インターネットからサンプルデータをダウンロードします。これらは、Slicerの機能をテストするために使用できます。
詳しくは、「Sample Data Module」のドキュメントを参照ください。
#ref(sample_data.png,center,nowrap,80%,sample data);
***お気に入り [#h2d8929b]
ファイルの選択ダイアログで、左の窓に、ディレクトリをドラッグ＆ドロップすることで、お気に入りディレクトリを追加できます。
#ref(Favorites-Add.png,center,nowrap,80%,Favorites Add);
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